Современная модель межбюджетного федерализма опирается на конституционно декларированное распределение предметов ведения между Федерацией, ее субъектами и муниципальными образованиями и исходит из законодательно установленной структуры разделения между всеми уровнями власти собираемых в государстве налогов. В ее рамках используется механизм бюджетного выравнивания. Переход от индивидуального согласования объемов финансовой помощи регионам к единым правилам ее определения и распределения позволили заменить большую часть дотаций, ранее утверждаемых в абсолютных суммах, трансфертами, исчисляемыми на основе утверждаемых процентных долей субъектов РФ в Фонде финансовой поддержки регионов (ФФПР). Эти доли определяются по единой для всех регионов формуле, а фактические трансферты перечисляются субъектам РФ исходя из фактически поступивших средств в ФФПР образуемый в составе федерального бюджета по утверждаемому ежегодно проценту отчислений от налоговых поступлений в федеральный бюджет.

В составе бюджета с 1998 г. впервые выделен раздел «Финансовая помощь бюджетам других уровней». Данные о размерах расходов на эти цели приведены в таблице.

Формирование финансовой базы взаимоотношений РФ и субъектов РФ строится по двум каналам: через отчисления от федеральных налогов и прямыми расчетами.